本题考查孟德尔遗传定律的应用，解答本题要明确9:3:3:1的含义及比例，据此分析作答。

纯合子黄圆豌豆（YYRR）与绿皱（yyrr）杂交后得F1（YyRr），根据基因的自由组合定律可知，F1自交得F2有9种基因型，其中只有1/16YYRR、2/16YYRr、2/16YyRR、4/16YyRr自交能够产生纯合的黄圆豌豆（YYRR），产生的纯合的黄圆豌豆=1/16+（2/16×1/4）+（2/16×1/4）＋（4/16×1/16）=9/64，C正确，A、B、D错误。

故选：C。