由题可知：甲表示的是叶绿体的类囊体薄膜，乙表示叶绿体基质，丙表示细胞质基质，丁表示线粒体；a表示[H]，b表示ATP，c表示CO2，d表示O2。

1、有氧呼吸是指细胞在氧的参与下，通过多种酶的催化作用，把葡萄糖等有机物彻底氧化分解，产生二氧化碳和水，释放能量，生成许多ATP的过程。

①细胞进行有氧呼吸时最常直接利用的物质是葡萄糖。

②有氧呼吸第一阶段的场所是细胞质基质，反应物是葡萄糖，产物是丙酮酸和[H]。

③有氧呼吸第二阶段的场所是线粒体，反应物是丙酮酸和水，产物是CO2和[H]。

④有氧呼吸第三阶段的场所是线粒体，反应物是O2和[H]，产物是H2O。

A、a表示[H]，该物质是NADPH，呼吸作用产生的是NADH，不是同一物质，A错误；

B、乙为叶绿体基质，该处主要发生暗反应，CO2固定和C3还原过程，B正确；

C、d表示O2，在线粒体内膜上和d结合的[H]一半来自葡萄糖，一半来自水，C错误；

D、该叶肉细胞在夜间合成ATP数量最多的场所是线粒体丁，D错误；

故选：B。