基因突变是基因结构的改变，包括碱基对的增添、缺失或替换。基因突变发生的时间主要是细胞分裂的间期。基因突变的特点是低频性、普遍性、少利多害性、随机性、不定向性。基因突变不一定能引起性状改变，如发生的是隐性突变（A→a），就不会引起性状的改变。

A、基因突变是指DNA分子中碱基对发生改变，引起基因结构的改变，A错误；

B、自然条件下基因突变可以自发发生，B错误；

C、基因突变发生在配子中可以传递给子代，C错误；

D、基因突变后生物的性状不一定发生改变，如隐性突变以及密码子的简并性，D正确；

故选：D。