噬菌体的结构：蛋白质外壳（C、H、O、N、S）+DNA（C、H、O、N、P）；

噬菌体侵染细菌的实验步骤：分别用35S或32P标记噬菌体→噬菌体与大肠杆菌混合培养→噬菌体侵染未被标记的细菌→在搅拌器中搅拌，然后离心，检测上清液和沉淀物中的放射性物质。

实验结论：DNA是遗传物质。

A、蛋白质的组成元素是C、H、O、N（部分还还有S元素），而DNA的组成元素是C、H、O、N、P，所以用32P和 35S分别标记噬菌体的DNA和蛋白质，A错误；

B、35S标记的是噬菌体的蛋白质，噬菌体在侵染细菌时，蛋白质没有进入细菌，留在外面，经过搅拌、离心后，35S主要存在于上清液中，B错误；

C、噬菌体在侵染细菌时，只有DNA进入细菌，并作为模板指导子代噬菌体的合成，而合成子代噬菌体所需的原料、能量等均有细菌提供，C正确；

D、噬菌体侵染细菌的实验证明DNA是遗传物质，D错误。

故选C。